 
          | 序号 | 单位名称 | 成立时间 | 负责人 | 
| 1 | 药物开发研究所 | 1989年 | 胡一桥 | 
| 2 | 肝胆研究所 | 2001年 | 施晓雷 | 
| 3 | 分子生殖医学中心 | 2001年 | 胡娅莉 | 
| 4 | 临床肿瘤学研究所 | 2005年 | 刘宝瑞 | 
| 5 | 公共健康医学中心 | 2005年 | 吴稚伟 | 
| 6 | 神经病学研究所 | 2006年 | 刘新峰 | 
| 7 | 风湿与免疫疾病研究所 | 2012年 | 孙凌云 | 
| 8 | 干细胞与再生医学中心 | 2013年 | 万国强 | 
| 9 | 中国医院改革发展研究院 | 2014年 | 穆耕林 | 
| 10 | 泌尿外科学研究所 | 2014年 | 郭宏骞 | 
| 11 | 呼吸病学研究所 | 2016年 | 宋 勇 | 
| 12 | 医学3D打印研究所 | 2017年 | 蒋 青 | 
| 13 | 心胸血管疾病研究所 | 2017年 | 王东进 | 
| 14 | 护理医学研究所 | 2020年 | 陈璐 | 
| 15 | 神经外科研究所 | 2020年 | 杭春华 | 
| 16 | 病毒与感染病研究所 | 2021年 | 吴超 | 
| 17 | 胰腺病研究所 | 2021年 | 邹晓平 | 
| 18 | 脊柱外科研究所 | 2021年 | 邱勇 | 
| 心脏再生与修复研究所 | 2021年 | 徐标 | |
| 20 | 医学影像与人工智能研究所 | 2021年 | 张冰 | 
| 21 | 中医研究院 | 2021年 | 穆耕林 | 
| 22 | 脑重大疾病转化医学研究所 | 2021年 | 徐运 | 
| 23 | 重症医学与应急救援研究所 | 2021年 | 李维勤 | 
| 24 | 代谢病研究所 | 2022年 | 毕艳 | 
| 25 | 口腔医学研究所 | 2023年 | 闫福华 |